Получение gputools и gmatrix в R для бесперебойной работы на Linux

У меня возникли проблемы с получением R, чтобы узнать gmatrix для R, проходя через Rstudio. Мои детали ниже.

  • Вещи, которые выполнены и сделаны:

    • установка openSuse Tumbleweed x86_64
    • установка графического драйвера NVIDIA 361.42
    • установка CUDA 7.5 & символьной ссылки для / usr / local/cuda
      • установить LD_LIBRARY_PATH & PATH
    • R 3.2.5
    • RStudio 0.98.501-1.62
    • исправлено /usr / local/cuda/include / host_config.h, строка: 115 путем увеличения «4» до » 5 «(это относится к компилятору gcc)
    • установка пакета gputools

    • ~ частичная установка пакета gmatrix

*Мне пришлось редактировать host_config.H файл, потому что cuda не поддерживается для компилятора gcc, с которым поставляется Tumbleweed. Я в основном сломал оценку, которая проверяет версию, и установил ее на 5.9 вместо 4.9. Было ли это в высшей степени наивно?

  • Что не сделано, требуется помощь:

— Я не смог правильно установить gmatrix. Я получил R для установки, вручную добавив каталоги LD & PATH с помощью Sys.setenv()

> Sys.setenv("LD_LIBRARY_PATH"="/usr/lib64/R/lib:/lib:/usr/local/lib64:/usr/local/cuda/lib64")

> Sys.setenv("PATH"="/home/eamergent/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games:/usr/local/cuda/bin")

Тем не менее, я не могу загрузить пакет gmatrix, но gputools работает нормально:

> library(gputools) "no issues"

> library(gmatrix)

> Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/eamergent/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.2/gmatrix/libs/gmatrix.so':libcudart.so.7.5: cannot open shared object file: No such file or directory Error: package or namespace load failed for ‘gmatrix’

* Ошибка заставляет думать, что libcudart.Итак.7.5 виноват
Однако,
/ usr/local/cuda/lib64 / libcudart.Итак.7.5 действительно существует:

> eamergent@linux-pnx7: ls /usr/local/cuda/lib64/libcuda

libcudadevrt.a       libcudart.so         libcudart.so.7.5     libcudart.so.7.5.18  libcudart_static.a 

* Я использовал вкладку, чтобы получить более короткий список. есть еще много в lib64

Есть идеи, как заставить R распознать уже установленный пакет gmatrix? Или Как правильно переустановить без использования исправления пути среды R, которое я использовал выше?

1 ответ

  1. У меня была та же проблема на Ubuntu 14.04, где система и R (Sys.setenv ()) пути к общей библиотеке были установлены правильно, но R не удалось загрузить общую библиотеку CUDA. Что сработало, так это установить путь к общей библиотеке CUDA с помощью ldconfig.

    как команды корня или префикса с sudo:

    # echo "/usr/local/cuda/lib64/libcuda" > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
    # ldconfig
    

    затем

    # R
    > install.packages("gmatrix")
    

    или если gmatrix уже установлена

    # R
    > library(gmatrix)
    > gtest()