кривая плотности на плотностной гистограмме

Я использую plotly для построения гистограммы для набора данных, с которым я работаю

test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))
plot_ly(x = ~test$y, type = "histogram", nbinsx = "23")

График как таковой прекрасный, но мне непонятно, как нарисовать плавную кривую плотности, проходящую через контуры гистограммы.

Plotly справочное руководство предлагает,

Трассировка гистограммы инициализируется с помощью plot_ly или add_trace:

plot_ly(df, type="histogram"[, ...])
add_trace(p, type="histogram"[, ...])

и есть histnorm (enumerated: "" | "percent" | "probability" | "density" | "probability density" )функция histonorm, которая, как я предполагаю, позволит пользователям рисовать кривую плотности, но я не уверен, как использовать эту функцию.

Интересно узнать, как другие подошли к этой проблеме. Любые советы или предложения очень ценятся.

2 ответа

  1. Один из вариантов, самый простой, если вы больше знакомы с API ggplot, чем plotly (как я), состоит в том, чтобы сначала сделать сюжет с ggplot2.

    library(plotly)
library(ggplot2
test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))

p <- ggplot(test, aes(x = y, y = ..density..)) +
   geom_histogram(fill = "steelblue", bins  = 23) +
   geom_density()

ggplotly(p)

    Введите описание изображения здесь

  2. Пока не идеально — вот один из способов сделать это.

    EDIT: обновлено для ограничений по оси y

    library(plotly)

y <- rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054)
dens <- data.frame(x = density(y)$x,
                   y = density(y)$y)

miny <- 0
maxy <- max(dens$y)

plot_ly() %>% 
  add_histogram(x = y) %>% 
  add_lines(data = dens, x = ~x, y = ~y, yaxis = "y2", 
            line = list(width = 3)) %>% 
  layout(yaxis2 = list(overlaying = "y", 
                       side = "right", 
                       range = c(miny, maxy),
                       showgrid = F, 
                       zeroline = F))