Файл слияния, но выводится только в строке заголовка

Я видел некоторые предыдущие сообщения, которые имеют решения, которые работают для других, но по какой-то причине не работал для меня.

Я пытаюсь написать Python скрипт, чтобы: 1) объединить три файла которые имеют тот же формат, 2) удалить повторяющиеся заголовки только, 3) сортирует строки ПО Specimen_IDи 4) добавляет 2 новые пустые строки между каждой уникальной Specimen_ID (т. е. каждые три строки, за исключением первой инстанции должны быть первые 4 строки из-за заголовков).

У меня есть часть сценария, который работает для первых двух и последних шагов:

import glob

read_files = glob.glob("*.txt")

header_saved = False
linecnt=0
with open("merged_data.txt", "wb") as outfile:
    for f in read_files:
        with open(f, "rb") as infile:
            header = next(infile)
            if not header_saved:
                outfile.write(header)
                header_saved = True
            for line in infile:
                outfile.write(line)
                linecnt=linecnt+1
                if (linecnt%3)==0:
                    outfile.write("nn")

Есть предложения по сортировке строк? Кроме того, если данные экспортируются из Excel в txt-файлы с разделителями табуляции, я нахожу, что этот сценарий приведет только к выходу, содержащему содержимое первого файла infile, но не другие. Если я просто копирую и вставляю данные в новый txt-файл и использую их в качестве infiles, у меня нет проблем. Кто-нибудь знает, почему я испытываю эту проблему?

Пример текста входного файла (infile 1):

Specimen_ID Measured_by_initals Measure_date    Sex Beak_length Pronotal_width  Right_fore_femur_length Right_fore_femur_width  Left_fore_femur_length  Left_fore_femur_width   Right_hind_femur_length Right_hind_femur_width  Left_hind_femur_length  Left_hind_femur_width   Right_hind_femur_area   Left_hind_femur_area    Right_hind_tibia_width  Left_hind_tibia_width   Notes
a   1   30-Dec-16   M   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   
b   1   30-Dec-16   F   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   beak bent
c   1   30-Dec-16   M   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   
d   1   30-Dec-16   F   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   
e   1   30-Dec-16   F   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   pronotum deformed
f   1   30-Dec-16   F   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   4   

Пример текста входного файла (infile 2):

Specimen_ID Measured_by_initals Measure_date    Sex Beak_length Pronotal_width  Right_fore_femur_length Right_fore_femur_width  Left_fore_femur_length  Left_fore_femur_width   Right_hind_femur_length Right_hind_femur_width  Left_hind_femur_length  Left_hind_femur_width   Right_hind_femur_area   Left_hind_femur_area    Right_hind_tibia_width  Left_hind_tibia_width   Notes
a   2   30-Dec-16   M   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 
b   2   30-Dec-16   F   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 
c   2   30-Dec-16   M   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 
d   2   30-Dec-16   F   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 
e   2   30-Dec-16   F   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 
f   2   30-Dec-16   F   4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1 4.1